มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษมได้เล็งเห็นความสำคัญของการพัฒนาศาสตร์การแพทย์แผนจีนให้เป็นการแพทย์ทางเลือกที่สามารถประกอบโรคศิลปะให้ถูกต้องตามกฎหมาย  เพื่อตอบสนองความต้องการของผู้ใช้บริการและชุมชน นอกจากนี้มหาวิทยาลัยเห็นวา่ มีศักยภาพเพียงพอที่สามารถจัดการเรียนการสอน การแพทย์แผนจีนได้ จึงจัดตั้งวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกขึ้นเป็นหน่วยงานเทียบเท่าคณะ มีระบบ บริหารงานเป็นของตนเอง ภายใต้การกำกับดูแลของมหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม โดยได้ลงนาม ความร่วมมือกับคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเซียะเหมินแห่งสาธารณรัฐประชาชนจีน และยังได้รับ ความร่วมมือจากอีกหลายหน่วยงาน ได้แก่ สถาบันแพทย์ไทย - จีน เอเชียตะวันออกเฉียงใต้ กรมพัฒนาการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก กรมสนับสนุนบริการสุขภาพ กระทรวงสาธารณสุข และสมาคมแพทย์จีนในประเทศไทย ปีพุทธศักราช 2549 มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม ซึ่งเป็นสถาบันการศึกษาที่เปิดการเรียน การสอนในระดับอุดมศึกษามาเป็นเวลา 67 ปี ได้ลงนามความร่วมมือทางวิชาการกับมหาวิทยาลัยเซี่ยเหมิน มณฑลฟูเจี้ยน แห่งสาธารณรัฐประชาชนจีน ในวันอังคารที่ 21 กุมภาพันธ์ 2549 และได้ก่อตั้งวิทยาลัย การแพทย์ทางเลือกขึ้นในวันจันทร์ที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2549 เปิดหลักสูตรการแพทย์แผนจีนบัณฑิต เป็นแห่งแรกของประเทศไทย โดยรองศาสตราจารย์มานพ พราหมณโชติ อธิการบดีในขณะนั้น ได้ลงนาม แต่งตั้งให้รองศาสตราจารย์พรผจง เลาหวิเชียร ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกเป็นคนแรกและมีนักศึกษาหลักสูตรการแพทย์แผนจีนบัณฑิต รุ่นที่ 1 จำนวนทั้งสิ้น 46 คน วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกมีกิจกรรมสำคัญและมีความร่วมมือทางวิชาการกับหน่วยงานต่าง ๆ ดังนี้
12 มีนาคม 2549   ลงนามความร่วมมือในการจัดหลักสูตรการแพทย์แผนจีนกับสมาคม แพทย์จีนในประเทศไทย

14 ธันวาคม 2549 วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม ได้เปิด สถานพยาบาลการแพทย์แผนจีน เพื่อเป็นสถานที่ฝึกประสบการณ์วิชาชีพของนักศึกษาหลักสูตรการแพทย์ แผนจีนบัณฑิต และบริการวิชาการด้านการดูแลสุขภาพด้วยศาสตร์การแพทย์แผนจีนแก่บุคคลทั่วไป

30 ธันวาคม 2549 เจรจาความร่วมมือด้านการจัดการศึกษา และการวิจัยทางการแพทย์แผนจีน ในประเทศไทย กับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนกวางสี

13 เมษายน 2550 ลงนามความร่วมมือทางวิชาการเพื่อเปิดหลักสูตรการแพทย์แผนจีน  ให้ผู้ที่จบปริญญาแพทยศาสตรบัณฑิต วิทยาศาสตรบัณฑิต และเภสัชศาสตรบัณฑิตกับโรงพยาบาลแห่งที่ 2 มหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง

8 พฤษภาคม 2550 เจรจาความร่วมมือด้านการจัดการเรียนการสอนหลักสูตรเฉพาะทางการวิจัยและงานด้านโรงพยาบาลกับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนยูนนาน

29 พฤษภาคม 2550 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการศึกษา และการวิจัยทางการแพทย์ แผนจีนกับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนกวางสี

16 สิงหาคม 2550 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการเรียนการสอนการแพทย์แผนจีนกับ มหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง (ครั้งที่ 2)

22 พฤษภาคม 2551 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการเรียนการสอนกับบริษัท กรุงเทพ ดุสิตเวชการ ซึ่งเป็นผู้ดำเนินกิจการโรงพยาบาลกรุงเทพ

25 สิงหาคม 2552 ลงนามความร่วมมือด้านการรักษาพยาบาลกับโรงพยาบาลสินแพทย์ เขตคันนายาว กรุงเทพมหานคร

1 ตุลาคม 2552 รองศาสตราจารย์ปรานี ปิ่นเงิน ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการ แทนผู้อำนวยการวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก

23 ธันวาคม 2552 นางสาวนฤมล พลายงาม ได้รับการสรรหาให้ดำรงตำแหน่งคณบดีวิทยาลัย การแพทย์ทางเลือก

10 พฤษภาคม 2553 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการศึกษาการแพทย์แผนจีน ฉบับเพิ่มเติม

17 ตุลาคม 2554 นายเอนก เทียนบูชา ผู้ช่วยอธิการบดีฝุายประกันคุณภาพและงานอาคารสถานที่ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก

22 กุมภาพันธ์ 2555 สภามหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม มีมติเห็นชอบหลักสูตรการแพทย์ แผนจีนบัณฑิต หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ. 2555

14 เมษายน 2555 นางพิมลรัตน์ วนสัณฑ์ รองอธิการบดีฝุายวิชาการ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก

15 พฤษภาคม 2555 ลงนามความร่วมมือทางวิชาการด้านการจัดการศึกษาการแพทย์แผนจีนในประเทศไทยกับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง

11 ตุลาคม 2555 ผู้ช่วยศาสตราจารย์รัตนา เฉลิมกลิ่น ผู้ช่วยอธิการบดีฝุายนโยบายและ ตรวจสอบภายใน ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก

1 ธันวาคม 2555 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการศึกษาการแพทย์แผนจีนในประเทศไทย กับโรงพยาบาลแห่งที่ 2 มหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง

10 เมษายน 2556 นางพิมลรัตน์ วนสัณฑ์ รองอธิการบดีฝุายวิชาการและวิจัย ได้รับการแต่งตั้ง ให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก

7 ตุลาคม 2556 ผู้ช่วยศาสตราจารย์รัตนา เฉลิมกลิ่น ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง รักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก

22 พฤศจิกายน 2556 ผู้ช่วยศาสตราจารย์รัตนา เฉลิมกลิ่น ได้รับการสรรหาให้ดำรงตำแหน่ง คณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก

15 มิถุนายน 2558 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการศึกษาการแพทย์แผนจีนในประเทศไทย ฉบับเพิ่มเติมกับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง