ปีพุทธศักราช 2549  มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษมซึ่งเป็นสถาบันการศึกษาที่เปิดการเรียนการสอนในระดับอุดมศึกษาโดยได้ลงนามความร่วมมือทางวิชาการกับมหาวิทยาลัยเซี่ยเหมิน มณฑล ฟูเจี้ยน แห่งสาธารณรัฐประชาชนจีน เมื่อวันอังคารที่ 21 กุมภาพันธ์ 2549 และได้ก่อตั้งวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกขึ้นในวันจันทร์ที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ. 2549 เปิดหลักสูตรการแพทย์แผนจีนบัณฑิต เป็นแห่งแรกของประเทศไทย โดยรองศาสตราจารย์มานพ พราหมณโชติ อธิการบดีในขณะนั้น ได้ลงนามแต่งตั้งให้รองศาสตราจารย์พรผจง  เลาหวิเชียร ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกเป็นคนแรก โดยวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือกมีกิจกรรมสำคัญและมีความร่วมมือทางวิชาการกับหน่วยงานต่างๆ ดังนี้

12 มีนาคม 2549 ลงนามความร่วมมือในการจัดหลักสูตรการแพทย์แผนจีนกับสมาคมแพทย์จีน ในประเทศไทย
14 ธันวาคม 2549 วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม ได้เปิดสถานพยาบาลการแพทย์แผนจีน เพื่อเป็นสถานที่ฝึกประสบการณ์วิชาชีพของนักศึกษาหลักสูตรการแพทย์แผนจีนบัณฑิต และบริการวิชาการด้านการดูแลสุขภาพด้วยศาสตร์การแพทย์แผนจีนแก่บุคคลทั่วไป
30 ธันวาคม 2549 เจรจาความร่วมมือด้านการจัดการศึกษา และการวิจัยทางการแพทย์แผนจีนในประเทศไทย กับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนกวางสี
8 พฤษภาคม 2550 เจรจาความร่วมมือด้านการจัดการเรียนการสอนหลักสูตรเฉพาะทาง การวิจัยและงานด้านโรงพยาบาลกับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนยูนนาน
29 พฤษภาคม 2550 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการศึกษา และการวิจัยทางการแพทย์แผนจีนกับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนกวางสี
22 พฤษภาคม 2551 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการเรียนการสอนกับบริษัท กรุงเทพดุสิตเวชการ ซึ่งเป็นผู้ดำเนินกิจการโรงพยาบาลกรุงเทพ
25 สิงหาคม 2552 ลงนามความร่วมมือด้านการรักษาพยาบาลกับโรงพยาบาลสินแพทย์ เขตคันนายาว กรุงเทพมหานคร
1 ตุลาคม 2552 รองศาสตราจารย์ปรานี ปิ่นเงิน ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนผู้อำนวยการวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
23 ธันวาคม 2552 นางสาวนฤมล พลายงาม ได้รับการสรรหาให้ดำรงตำแหน่งคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
10 พฤษภาคม 2553 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการศึกษาการแพทย์แผนจีนฉบับเพิ่มเติมกับคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเซี่ยเหมิน
17 ตุลาคม 2554 นายเอนก เทียนบูชา ผู้ช่วยอธิการบดีฝ่ายประกันคุณภาพและงานอาคารสถานที่ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
22 กุมภาพันธ์ 2555 สภามหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม มีมติเห็นชอบหลักสูตรการแพทย์แผนจีนบัณฑิต หลักสูตรปรับปรุง พ.ศ.2555
14 เมษายน 2555 นางพิมลรัตน์ วนสัณฑ์ รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
15 พฤษภาคม 2555 ลงนามความร่วมมือทางวิชาการด้านการจัดการศึกษาการแพทย์แผนจีนในประเทศไทยกับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง
11 ตุลาคม 2555 ผู้ช่วยศาสตราจารย์รัตนา เฉลิมกลิ่น ผู้ช่วยอธิการบดีฝ่ายนโยบายและตรวจสอบภายใน ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
1 ธันวาคม 2555 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการศึกษาการแพทย์แผนจีนในประเทศไทยกับ โรงพยาบาลการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิงแห่งที่ 2 มหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง
10 เมษายน 2556 นางพิมลรัตน์ วนสัณฑ์ รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการและวิจัย ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
7 ตุลาคม 2556 ผู้ช่วยศาสตราจารย์รัตนา เฉลิมกลิ่น ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
22 พฤศจิกายน 2556 ผู้ช่วยศาสตราจารย์รัตนา เฉลิมกลิ่น ได้รับการสรรหาให้ดำรงตำแหน่งคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
15 มิถุนายน 2558 ลงนามความร่วมมือด้านการจัดการศึกษาการแพทย์แผนจีนในประเทศไทย ฉบับเพิ่มเติมกับมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง
16 กันยายน 2559 นางพิมลรัตน์ วนสัณฑ์ รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการและวิจัย ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
19 มกราคม 2560 นายพิสุทธิ์ พวงนาค พนักงานมหาวิทยาลัยสายวิชาการ ตำแหน่งอาจารย์ ผู้อำนวยการสำนักงานหมวดวิชาศึกษาทั่วไป ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง รักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
4 เมษายน 2560 บันทึกข้อตกลงความร่วมมือ ระหว่าง มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม แห่งราชอาณาจักรไทย และ ศูนย์วิจัยสมุนไพรและการแพทย์แผนจีน มณฑลเหลียวหนิง โรงพยาบาลสาธิตแห่งที่ 2 สังกัดมหาวิทยาลัยการแพทย์แผนจีนเหลียวหนิง แห่งสาธารณรัฐประชาชนจีน ว่าด้วยความร่วมมือในด้านการจัดการศึกษาการแพทย์แผนจีนในประเทศไทย
29 มิถุนายน 2560 บันทึกข้อตกลงความร่วมมือรหะว่าง วิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก มหาวิทยาลัยราชภัฏจันทรเกษม และคลินิกการประกอบโรคศิลปะ สาขาการแพทย์แผนจีนหัวเฉียว
18 กรกฎาคม 2560 นางพิมลรัตน์  วนสัณฑ์ รองอธิการบดีฝ่ายวิชาการ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งรักษาราชการแทนคณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก
1 พฤศจิกายน 2560 นายพิสุทธิ์  พวงนาค พนักงานในสถาบันอุดมศึกษา ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่ง คณบดีวิทยาลัยการแพทย์ทางเลือก